Jabatan Pengairan dan Saliran, Negeri Sabah (JPS) diketuai oleh seorang Pengarah dan dibantu oleh seorang Timbalan Pengarah. Ia mempunyai 6 bahagian yang berada di ibu pejabat di Kota Kinabalu dan 3 bahagian lagi di Kompleks JPS Inanam. Bahagian-bahagian tersebut adalah seperti berikut:-

1. Bahagian Kejuruteraan Sungai dan Pantai
2. Bahagian Pengairan dan Saliran
3. Bahagian Perancang
4. Bahagian Ukur Bahan
5. Bahagian Pentadbiran dan Perjawatan
6. Bahagian Akaun
7. Bahagian Perkhidmatan Mekanikal
8. Bahagian Pengurusan Sumber Air
9. Bahagian Hidrologi dan Ukur

Negeri Sabah dibahagikan kepada 12 Daerah Pentadbiran JPS dan setiap daerah ditadbir oleh seorang Jurutera Daerah JPS. Ibu Pejabat JPS terletak di Kota Kinabalu, Ibu Kota Negeri Sabah dan pejabat-pejabat Daerah Pentadbiran JPS terletak di Kudat, Kota Marudu dan Kota Belud di Utara, Tuaran, Ranau, Penampang dan Papar di Pantai Barat Tengah; Beaufort di Selatan; Tambunan dan Keningau di Pedalaman; dan Sandakan dan Tawau di Pantai Timur.